Los Reyes Católicos en acción de gracias por la victoria en la batalla de Toro, decidieron levantar un templo votivo que al mismo tiempo tuviera un oficio de panteón regio ya acordaron que la fundación tuviera lugar en Toledo. El segundo de los motivos (la conquista de granada) no se consiguió pero el templo se levanto de igual forma terminándolo en el año 1495.

La reina tuvo el deseo de que la obra sirviera como panteón real. Desechada la idea, decide utilizar el nuevo edificio para dar morada a los hermanos franciscanos, que habían acudido a ella solicitando su ayuda.

La construcción del templo fue encargada al arquitecto Juan Guas y a l escultor Egas Cueman, cuya decoración será decisiva en la decoración. Para sufragar estas grandes sumas de dinero que requería las obras utilizaron los tesoros reales. La iglesia tiene una única nave y varias capillas laterales. Destaca en su interior la exquisita distribución de la luz, con una luminosidad máxima en el altar, lograda gracias a una especial disposición de las vidrieras, así como a la distribución de los espacios. El claustro dedicado a Dios, a San Juan Evangelista y a San Francisco, está considerado como una de las joyas del gótico tardío hispano.En tiempo de Carlos V se construyó un segundo claustro comunicado con él por medio de una escalera.

En el austero exterior, unas cadenas colgaban de los parámetros del crucero del ábside, que fueron mandadas colgar por la reina Isabel, recuerdan la reconquista de territorios al sur de la Península a manos del rey Fernando, quien liberó de ellas a los Cristianos cautivos.